Este manga cuenta una historia previa a los hechos narrados en la serie original Saint Seiya, ocurrida 243 años antes. Tenma y los hermanos Alone y Sasha, son tres niños huérfanos cuya vida cambia cuando Sísifo de Sagitario lleva a Sasha al Santuario porque es la reencarnación de la diosa Atenea. Por otro lado, Tenma se convierte en el Santo de Pegaso y Alone, que tiene un corazón puro, acaba siendo seleccionado por los dioses gemelos del inframundo para ser la reencarnación de Hades. El comienzo de una guerra santa y el enfrentamiento entre ellos está servido.