Nada más derrotar al Doctor Wily, Mega Man se enfrenta a nuevas amenazas. Desde Bass, un robot superpoderoro liberado por el Doctor Wily para derrotarle y cumplir así su máxima amibición, hasta la enigmática presencia de Mister X. Y eso no es más que el principio.

El futuro del mundo es más incierto que nunca…