Basada en una de las realidades alternativas que se presentan en el último capítulo de la serie animada, este manga nos cuenta la historia Shinji Ikari y Asuka Soryu, dos compañeros de colegio que tienen un relación un poco complicada. Mientras Shinji es medio boludo y despreocupado, Asuka es severa y se ve obligada a comportarse como una hermana mayor, llegando al punto de tener que pasarlo a buscar cada mañana para que llegue en hora al colegio y hasta de preocuparse por cocinarle cuando sus padres no están en casa. Pero todo cambia cuando hace su aparición Rei Ayanami, una chica que se muda a la ciudad para formar parte de los estudios que llevan a cabo los padres de Shinji para un misterioso instituto. Para complicar más las cosas, Rei no sólo comienza a estudiar en el mismo curso que ellos, sino que empieza a vivir con la familia Ikari. Ahora Asuka deberá enfrentar sus verdaderos sentimientos por Shinji y decidir si está dispuesta a pelear por su amor; mientras poco a poco se van viendo cada vez más envueltos en los crípticos experimentos que llevan a cabo sus padres.