Tras 10 años de los sucesos de la serie principal, los clanes Kouga e Iga viven en armonía hasta el día en que un misterioso grupo llamado Jojinshu pone sus ojos en ellos. El objetivo de este malévolo grupo es hacerse con Hachiro Kouga y Hibiki Iga, dos gemelos que heredaron las poderosas habilidades de Genosuke y Oboro, y están destinados a casarse y convertirse en la cabeza de sus respectivos clanes. Ahora, las dos facciones de ninjas deberán luchar contra este despiadado enemigo y así evitar que las habilidades de la pareja caiga en sus manos y tengan acceso al legendario poder que puede desatarse al combinar los jutsu de ambos chicos.